O Controle Interno integra a estrutura organizacional da Administração tendo por função acompanhar a execução dos atos e apontar, em caráter sugestivo, preventivo ou corretivamente, as ações a serem desempenhadas. Sua missão compreende a fiscalização contábil, financeira, orçamentária, operacional e patrimonial e abrange os aspectos de legalidade, legitimidade, economicidade e razoabilidade de atos que gerem receita ou despesa pública.